Wykres wulkaniczny
Teraz stworzysz wykres wulkaniczny, który pozwoli zwizualizować skalę różnicowej ekspresji w badaniu białaczki. Na osi Y wykresu znajdą się logarytmiczne szanse różnicowej ekspresji, a na osi X – logarytmiczna krotność zmian.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
W twoim środowisku pracy został wczytany obiekt dopasowanego modelu z rozdziału 2, fit2, dotyczący badania białaczki. Pakiet limma jest już załadowany.
Utwórz wykres wulkaniczny wyróżniający 5 najważniejszych genów.
Oznacz te 5 genów ich symbolami, przekazując kolumnę
symbolz ramki danychfit2$genesdo argumentunames.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)