Analiza wzbogacenia szlaków biologicznych
Aby lepiej zrozumieć wpływ różnicowo ekspresjonowanych genów w badaniu dotyczącym doksyrubicyny, przetestujesz wzbogacenie znanych szlaków biologicznych zebranych w bazie danych KEGG. Które szlaki KEGG są nadreprezentowane wśród różnicowo ekspresjonowanych genów dla kontrastów "dox_wt" i "interaction"?
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Dopasowany obiekt modelu fit2 został wczytany do twojego środowiska. Pakiet limma jest już załadowany.
Wyodrębnij identyfikatory Entrez Gene ID z ramki danych
fit2$genes.Przetestuj wzbogacenie szlaków KEGG za pomocą
keggadla kontrastu"dox_wt". Ustaw gatunek na"Mm"dla Mus musculus.Wyświetl 5 najbardziej wzbogaconych szlaków KEGG za pomocą
topKEGG.Powtórz analizę wzbogacenia szlaków dla kontrastu
"interaction".
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)