1. 학습
    2. /
  2. 강의
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

연습 문제

Analiza wzbogacenia szlaków biologicznych

Aby lepiej zrozumieć wpływ różnicowo ekspresjonowanych genów w badaniu dotyczącym doksyrubicyny, przetestujesz wzbogacenie znanych szlaków biologicznych zebranych w bazie danych KEGG. Które szlaki KEGG są nadreprezentowane wśród różnicowo ekspresjonowanych genów dla kontrastów "dox_wt" i "interaction"?

지침

100 XP

Dopasowany obiekt modelu fit2 został wczytany do twojego środowiska. Pakiet limma jest już załadowany.

  • Wyodrębnij identyfikatory Entrez Gene ID z ramki danych fit2$genes.

  • Przetestuj wzbogacenie szlaków KEGG za pomocą kegga dla kontrastu "dox_wt". Ustaw gatunek na "Mm" dla Mus musculus.

  • Wyświetl 5 najbardziej wzbogaconych szlaków KEGG za pomocą topKEGG.

  • Powtórz analizę wzbogacenia szlaków dla kontrastu "interaction".