Test różnicowej ekspresji dla średnich grupowych
Po zdefiniowaniu macierzy planu eksperymentu oraz macierzy kontrastów możesz przeprowadzić test różnicowej ekspresji.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi białaczki, macierz planu (design) oraz macierz kontrastów (cm) zostały wczytane do twojego środowiska pracy.
Dopasuj współczynniki modelu za pomocą
lmFit.Dopasuj kontrasty za pomocą
contrasts.fit.Oblicz statystyki t za pomocą
eBayes.Podsumuj wyniki za pomocą
decideTests. Nie musisz tym razem zawężać podzbiorufit2, jak miało to miejsce w parametryzacji treatment-contrasts, ponieważ model średnich grupowych nie zawiera wyrazu wolnego.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)