1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Test różnicowej ekspresji dla średnich grupowych

Po zdefiniowaniu macierzy planu eksperymentu oraz macierzy kontrastów możesz przeprowadzić test różnicowej ekspresji.

Instrukcje

100 XP

Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi białaczki, macierz planu (design) oraz macierz kontrastów (cm) zostały wczytane do twojego środowiska pracy.

  • Dopasuj współczynniki modelu za pomocą lmFit.

  • Dopasuj kontrasty za pomocą contrasts.fit.

  • Oblicz statystyki t za pomocą eBayes.

  • Podsumuj wyniki za pomocą decideTests. Nie musisz tym razem zawężać podzbioru fit2, jak miało to miejsce w parametryzacji treatment-contrasts, ponieważ model średnich grupowych nie zawiera wyrazu wolnego.