Tworzenie wykresu pudełkowego z obiektem ExpressionSet
Teraz, gdy wszystkie dane eksperymentalne zostały połączone w jednym obiekcie ExpressionSet, filtrowanie cech i próbek staje się wygodniejsze. W tym ćwiczeniu ponownie utworzysz wykres pudełkowy, aby zwizualizować jeden gen – tym razem zawęzisz też zestaw próbek uwzględnionych na wykresie.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset został wczytany do twojego środowiska roboczego.
Ogranicz
esetdo pierwszych 10 próbek (kolumn).Utwórz wykres pudełkowy dla 1000. genu (czyli wiersza) w
eset_sub, korzystając z funkcji dostępowychexprs,pDataifData.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])