1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Macierz kontrastów dla średnich grupowych

Ponieważ korzystasz z parametryzacji opartej na średnich grupowych, potok limma wymaga teraz dodatkowego kroku. Współczynniki reprezentują teraz średni poziom ekspresji dla każdej z dwóch grup próbek, dlatego musisz zdefiniować własny kontrast, aby przetestować różnice między białaczkami progresywnymi a stabilnymi.

Instrukcje

100 XP

Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi białaczki oraz właśnie utworzona macierz projektu (design) zostały wczytane do twojego środowiska pracy.

  • Użyj funkcji makeContrasts, aby zdefiniować kontrast status, będący różnicą średnich poziomów ekspresji między nowotworami progresywnymi a stabilnymi.

  • Przekaż macierz projektu design jako argument levels. Dzięki temu nazwy kolumn macierzy design (odpowiadające współczynnikom) będą mogły być używane w definicjach kontrastów.