Macierz kontrastów dla średnich grupowych

Ponieważ korzystasz z parametryzacji opartej na średnich grupowych, potok limma wymaga teraz dodatkowego kroku. Współczynniki reprezentują teraz średni poziom ekspresji dla każdej z dwóch grup próbek, dlatego musisz zdefiniować własny kontrast, aby przetestować różnice między białaczkami progresywnymi a stabilnymi.

To ćwiczenie jest częścią kursu

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi białaczki oraz właśnie utworzona macierz projektu (design) zostały wczytane do twojego środowiska pracy.

Użyj funkcji makeContrasts, aby zdefiniować kontrast status, będący różnicą średnich poziomów ekspresji między nowotworami progresywnymi a stabilnymi.
Przekaż macierz projektu design jako argument levels. Dzięki temu nazwy kolumn macierzy design (odpowiadające współczynnikom) będą mogły być używane w definicjach kontrastów.

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Edytuj i uruchom kod