Macierz planu eksperymentu
Eksperyment z doksorubicyną to plan czynnikowy 2x2, dlatego musisz utworzyć zmienną łączoną, aby skorzystać z parametryzacji opartej na średnich grupowych.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi doksorubicyny został wczytany do twojego środowiska pracy.
Połącz zmienne
genotype(WT vs. Top2b null) itreatment(PBS vs. Dox) w jedną zmienną typu factor.Użyj funkcji
model.matrix, aby utworzyć macierz planu eksperymentu bez wyrazu wolnego.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)