Wykres pudełkowy dla Top2b
Teraz czas na sprawdzenie wyników: stwórz wykres pudełkowy poziomu ekspresji Top2b, aby potwierdzić, że myszy z nokautem genu mają niższy poziom ekspresji Top2b.
Podobny wykres pudełkowy tworzyłeś/-aś w rozdziale 1., ćwiczeniu 4.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi doksорубicyny został wczytany do twojego środowiska roboczego.
Znajdź wiersz zawierający dane Top2b, przeszukując kolumnę danych cech
"symbol"pod kątem wartości"Top2b".Utwórz wykres pudełkowy, korzystając ze składni formuły. Poziom ekspresji powinien znajdować się po lewej stronie
~, a zmienna genotypu – po prawej.Przekaż wiersz ramki danych cech do argumentu
main, aby nadać tytuł wykresowi.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])