Macierz kontrastów

Aby zbadać wpływ doksorubicyny na serca myszy dzikiego typu oraz myszy z nokautem Top2b (a także ewentualną interakcję między leczeniem a genotypem), należy skontrastować współczynniki z macierzy projektu.

To ćwiczenie jest częścią kursu

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi doksorubicyny oraz macierz projektu design zostały wczytane do twojego środowiska. Pakiet limma jest już załadowany.

Utwórz dox_wt, aby zbadać efekt działania doksorubicyny u myszy dzikiego typu.
Utwórz dox_top2b, aby zbadać efekt działania doksorubicyny u myszy z nokautem Top2b.
Utwórz człon interakcji, który pozwoli sprawdzić różnice w odpowiedzi na doksorubicynę między dwoma typami myszy (podpowiedź: skontrastuj dox_top2b i dox_wt).

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Edytuj i uruchom kod