Wizualizacja efektów partii
W eksperymencie na węchowych komórkach macierzystych zastosowano 7 warunków traktowania, każdy z 4 replikatami, co daje łącznie 28 próbek. Próbki te były jednak przetwarzane w 4 oddzielnych partiach. Efekt warunków traktowania jest istotny biologicznie, natomiast efekt partii to szum techniczny. Korzystając z redukcji wymiarowości, określ, który z tych dwóch efektów miał większy wpływ na dane ekspresji genów.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi węchowych komórek macierzystych został wczytany do twojego środowiska roboczego.
Użyj funkcji
plotMDS, aby zwizualizować główne składowe. Oznacz próbki zgodnie z zastosowanym warunkiem traktowania i ustaw argumentgene.selectionna"common".Ponownie zwizualizuj główne składowe, tym razem oznaczając próbki według przynależności do partii.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")