1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Histogram wartości p

Po przeprowadzeniu testu sprawdź, czy model został poprawnie określony, analizując rozkład wartości p dla każdego kontrastu. Pamiętaj, że dla kontrastu z niewielką liczbą różnicowo eksprymowanych genów oczekuje się rozkładu jednostajnego, natomiast dla kontrastu z wieloma takimi genami – rozkładu prawostronnie skośnego.

Instrukcje

100 XP

Dopasowany obiekt modelu fit2 został wczytany do twojego środowiska pracy. Pakiet limma jest już załadowany.

  • Użyj funkcji topTable, aby uzyskać statystyki podsumowujące dla każdego genu dla kontrastu "dox_wt". Ustaw liczbę zwracanych genów równą liczbie wierszy obiektu fit2.

  • Powtórz operację dla kontrastów "dox_top2b" i "interaction".

  • Użyj funkcji hist, aby utworzyć histogram wartości p dla każdego z trzech kontrastów.