Definiowanie modelu liniowego do porównania 2 grup
Aby zidentyfikować geny z różnicową ekspresją w eksperymencie dotyczącym białaczki, musisz zapisać następujący model liniowy w R:
gdzie \(X_{1}\) jest równe 1 dla nowotworów progresywnych i 0 dla nowotworów stabilnych (uwaga: R automatycznie wybiera warunek bazowy w kolejności alfabetycznej).
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi białaczki został wczytany do twojego środowiska roboczego.
- Użyj funkcji
model.matrix, aby zbudować macierz projektu z wyrazem wolnym oraz współczynnikiem wskazującym status choroby.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)