1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Testowanie różnicowej ekspresji dla układu czynnikowego 2x2

Nawet jeśli masz więcej kontrastów niż w poprzednich przykładach, testowanie różnicowej ekspresji przy użyciu limma przebiega według tego samego schematu.

Instrukcje

100 XP

Obiekt ExpressionSet eset z danymi Populus, macierz modelu (design) oraz macierz kontrastów (cm) zostały wczytane do twojego środowiska roboczego.

  • Dopasuj współczynniki modelu za pomocą lmFit.

  • Dopasuj kontrasty za pomocą contrasts.fit.

  • Oblicz statystyki t za pomocą eBayes.

  • Podsumuj wyniki za pomocą decideTests.