Testowanie różnicowej ekspresji między 2 grupami
Masz już obiekt ExpressionSet oraz macierz projektową – możesz teraz dopasować model i przetestować go za pomocą limma.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi białaczki oraz macierz projektowa, którą właśnie utworzyłeś (design), zostały wczytane do twojego środowiska pracy.
Dopasuj współczynniki modelu za pomocą
lmFit.Oblicz statystyki t za pomocą
eBayes.Podsumuj wyniki za pomocą
decideTests.Ponieważ testowanie wyrazu wolnego nie ma sensu, podaj współczynnik
"Diseasestable"podczas uruchamianiadecideTests.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)