Macierz projektu dla układu czynnikowego 2x2
W tym eksperymencie czynnikowym 2x2, badającym wpływ suszy na wzrost drzew, dwa różne typy drzew Populus hodowano przy dwóch różnych poziomach nawodnienia. Aby uzyskać jeden współczynnik modelu na grupę, musisz najpierw połączyć obie zmienne.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi Populus został wczytany do twojego środowiska pracy.
Połącz zmienne
type(typ drzewa) iwater(normalne nawodnienie vs. susza) w jedną zmienną czynnikową.Użyj
model.matrix, aby utworzyć macierz projektu bez wyrazu wolnego.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)