Macierz kontrastów dla 3 grup
Aby zidentyfikować geny różnicowo ekspresjonowane między każdym z 3 poziomów tlenu, musisz zdefiniować 3 kontrasty parami.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi hipoksji oraz macierz modelu, którą właśnie utworzyłeś (design), zostały wczytane do twojego środowiska.
- Użyj
makeContrasts, aby zdefiniować 3 kontrasty parami. Pamiętaj, aby korzystać z nazw kolumn macierzy modelu bez użycia cudzysłowów.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm