1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Histogram wartości p

Przydatnym wykresem diagnostycznym jest histogram wartości p. Duże zagęszczenie niskich wartości p świadczy o tym, że wiele genów jest różnicowo eksprymowanych. Równomiernie rozłożony histogram wskazuje natomiast na ich niewielką liczbę. Utwórz histogram wartości p dla badania białaczki.

Instrukcje

100 XP

Dopasowany obiekt modelu z rozdziału 2, fit2, został wczytany do twojego środowiska. Pakiet limma jest już załadowany.

  • Użyj topTable, aby uzyskać statystyki podsumowujące dla każdego genu.

  • Aby otrzymać wyniki dla wszystkich genów, ustaw argument number równy liczbie wierszy obiektu fit2.

  • Aby wyłączyć sortowanie wyników według poziomu istotności, ustaw argument sort.by na "none".

  • Użyj hist, aby utworzyć histogram wartości p.