Histogram wartości p

Przydatnym wykresem diagnostycznym jest histogram wartości p. Duże zagęszczenie niskich wartości p świadczy o tym, że wiele genów jest różnicowo eksprymowanych. Równomiernie rozłożony histogram wskazuje natomiast na ich niewielką liczbę. Utwórz histogram wartości p dla badania białaczki.

To ćwiczenie jest częścią kursu

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

Dopasowany obiekt modelu z rozdziału 2, fit2, został wczytany do twojego środowiska. Pakiet limma jest już załadowany.

Użyj topTable, aby uzyskać statystyki podsumowujące dla każdego genu.
Aby otrzymać wyniki dla wszystkich genów, ustaw argument number równy liczbie wierszy obiektu fit2.
Aby wyłączyć sortowanie wyników według poziomu istotności, ustaw argument sort.by na "none".
Użyj hist, aby utworzyć histogram wartości p.

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

Edytuj i uruchom kod