Wykres wulkaniczny
Teraz zwizualizujesz zakres różnicowej ekspresji dla każdego kontrastu za pomocą wykresu wulkanicznego, który przedstawia logarytm szans różnicowej ekspresji na osi y oraz logarytm krotności zmiany na osi x.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Dopasowany obiekt modelu fit2 został wczytany do twojego środowiska roboczego. Pakiet limma jest już załadowany.
Pobierz symbole genów (
symbol) z ramki danychfit2$genes.Utwórz wykres wulkaniczny wyróżniający 5 najważniejszych genów dla każdego z 3 kontrastów.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)