Testowanie różnicowej ekspresji

Mając gotową macierz projektu i macierz kontrastów, możesz przetestować różnicową ekspresję wywołaną przez doksorubicynę u dwóch typów myszy.

To ćwiczenie jest częścią kursu

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

W przestrzeni roboczej masz załadowany obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi doksorubicyny, macierz projektu design oraz macierz kontrastów cm. Pakiet limma jest już wczytany.

Dopasuj współczynniki modelu za pomocą lmFit.
Dopasuj kontrasty za pomocą contrasts.fit.
Oblicz statystyki t za pomocą eBayes.
Podsumuj wyniki, używając decideTests i vennDiagram.

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Edytuj i uruchom kod