1. Learn
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Ścieżki KEGG

Aby ułatwić interpretację wyników analizy różnicowej ekspresji, często stosuje się testy wzbogacenia znanych zestawów genów. Baza danych KEGG zawiera starannie wyselekcjonowane zestawy genów, które wiadomo, że oddziałują ze sobą w ramach tych samych szlaków biologicznych. Które ścieżki KEGG są nadreprezentowane wśród genów różnicowo eksprymowanych w badaniu białaczki?

Instructions

100 XP

Dopasowany obiekt modelu z badania białaczki z rozdziału 2, fit2, został wczytany do twojego środowiska pracy. Pakiet limma jest już załadowany.

  • Wyodrębnij identyfikatory Entrez Gene ID z ramki danych fit2$genes.

  • Przetestuj wzbogacenie ścieżek KEGG za pomocą funkcji kegga. Ustaw gatunek na "Hs" dla Homo sapiens.

  • Wyświetl 20 najbardziej wzbogaconych ścieżek KEGG za pomocą funkcji topKEGG.