Ścieżki KEGG
Aby ułatwić interpretację wyników analizy różnicowej ekspresji, często stosuje się testy wzbogacenia znanych zestawów genów. Baza danych KEGG zawiera starannie wyselekcjonowane zestawy genów, które wiadomo, że oddziałują ze sobą w ramach tych samych szlaków biologicznych. Które ścieżki KEGG są nadreprezentowane wśród genów różnicowo eksprymowanych w badaniu białaczki?
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Dopasowany obiekt modelu z badania białaczki z rozdziału 2, fit2, został wczytany do twojego środowiska pracy. Pakiet limma jest już załadowany.
Wyodrębnij identyfikatory Entrez Gene ID z ramki danych
fit2$genes.Przetestuj wzbogacenie ścieżek KEGG za pomocą funkcji
kegga. Ustaw gatunek na"Hs"dla Homo sapiens.Wyświetl 20 najbardziej wzbogaconych ścieżek KEGG za pomocą funkcji
topKEGG.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)