1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Sprawdź źródła zmienności

Kolejnym krokiem jest wykorzystanie analizy głównych składowych do sprawdzenia źródeł zmienności w danych. Czy próbki grupują się według genotypu (WT vs. Top2b null) i sposobu leczenia (PBS vs. Dox)?

Instrukcje

100 XP

Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi doksorubicyny został wczytany do twojego środowiska pracy. Pakiet limma jest już załadowany.

  • Użyj funkcji plotMDS, aby wykreślić główne składowe. Oznacz próbki według ich genotypu.

  • Zwizualizuj ponownie główne składowe, tym razem oznaczając próbki według sposobu leczenia.