Sprawdź źródła zmienności
Kolejnym krokiem jest wykorzystanie analizy głównych składowych do sprawdzenia źródeł zmienności w danych. Czy próbki grupują się według genotypu (WT vs. Top2b null) i sposobu leczenia (PBS vs. Dox)?
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi doksorubicyny został wczytany do twojego środowiska pracy. Pakiet limma jest już załadowany.
Użyj funkcji
plotMDS, aby wykreślić główne składowe. Oznacz próbki według ich genotypu.Zwizualizuj ponownie główne składowe, tym razem oznaczając próbki według sposobu leczenia.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")