Macierz kontrastów dla układu czynnikowego 2x2

W układzie czynnikowym 2x2 istnieje wiele kontrastów do zbadania. Musisz przetestować różnice w typie drzewa dla każdego z warunków nawodnienia, różnice w odpowiedzi na suszę dla każdego z typów drzew, a także różnice w odpowiedzi na suszę między dwoma typami drzew (tradycyjnie nazywane efektem interakcji).

To ćwiczenie jest częścią kursu

Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R

Zobacz kurs

Instrukcje do ćwiczenia

Obiekt ExpressionSet eset z danymi Populus oraz właśnie utworzona macierz projektu (design) zostały wczytane do twojego środowiska pracy.

Utwórz kontrast type_drought, aby przetestować efekt typu drzewa (NM6 vs. DN34) w warunkach suszy.
Utwórz kontrast water_dn34, aby przetestować efekt suszy na drzewach DN34.
Utwórz człon interakcji, aby przetestować różnice w odpowiedzi na suszę między dwoma typami drzew (podpowiedź: porównaj kontrasty water_nm6 i water_dn34).

Interaktywne ćwiczenie praktyczne

Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Edytuj i uruchom kod