1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Macierz kontrastów dla układu czynnikowego 2x2

W układzie czynnikowym 2x2 istnieje wiele kontrastów do zbadania. Musisz przetestować różnice w typie drzewa dla każdego z warunków nawodnienia, różnice w odpowiedzi na suszę dla każdego z typów drzew, a także różnice w odpowiedzi na suszę między dwoma typami drzew (tradycyjnie nazywane efektem interakcji).

Instrukcje

100 XP

Obiekt ExpressionSet eset z danymi Populus oraz właśnie utworzona macierz projektu (design) zostały wczytane do twojego środowiska pracy.

  • Utwórz kontrast type_drought, aby przetestować efekt typu drzewa (NM6 vs. DN34) w warunkach suszy.

  • Utwórz kontrast water_dn34, aby przetestować efekt suszy na drzewach DN34.

  • Utwórz człon interakcji, aby przetestować różnice w odpowiedzi na suszę między dwoma typami drzew (podpowiedź: porównaj kontrasty water_nm6 i water_dn34).