Tworzenie obiektu ExpressionSet
Zarządzanie trzema oddzielnymi zbiorami danych dla jednego eksperymentu jest żmudne i podatne na błędy – szczególnie gdy trzeba filtrować dane. Połącz trzy zbiory danych z eksperymentu dotyczącego białaczki w jeden spójny obiekt, korzystając z klasy ExpressionSet dostępnej w Bioconductor.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
W twoim środowisku pracy załadowane są: macierz ekspresji (x), dane cech (f) oraz dane fenotypowe (p).
Utwórz nowy obiekt ExpressionSet za pomocą funkcji
ExpressionSet.Przekaż macierz ekspresji do argumentu
assayData.Przekaż ramkę danych fenotypowych do argumentu
phenoData.Przekaż ramkę danych cech do argumentu
featureData.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load package
library(Biobase)
# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
featureData = AnnotatedDataFrame(___))
# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)