1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Macierz projektowa dla 3 grup

W eksperymencie hipoksji komórki macierzyste były narażone na 3 różne poziomy tlenu: 1%, 5% i 21%. Aby porównać funkcje komórkowe w tych 3 środowiskach, użyj parametryzacji średnich grupowych i zdefiniuj model liniowy ze współczynnikiem dla każdego poziomu tlenu.

Instrukcje

100 XP

Obiekt klasy ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi hipoksji został wczytany do twojego środowiska roboczego.

  • Użyj funkcji model.matrix, aby utworzyć macierz projektową bez wyrazu wolnego. Pamiętaj, że zmienna zainteresowania w tym badaniu (3 poziomy tlenu) znajduje się w kolumnie oxygen ramki danych fenotypowych.