Macierz projektowa dla 3 grup
W eksperymencie hipoksji komórki macierzyste były narażone na 3 różne poziomy tlenu: 1%, 5% i 21%. Aby porównać funkcje komórkowe w tych 3 środowiskach, użyj parametryzacji średnich grupowych i zdefiniuj model liniowy ze współczynnikiem dla każdego poziomu tlenu.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt klasy ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi hipoksji został wczytany do twojego środowiska roboczego.
- Użyj funkcji
model.matrix, aby utworzyć macierz projektową bez wyrazu wolnego. Pamiętaj, że zmienna zainteresowania w tym badaniu (3 poziomy tlenu) znajduje się w kolumnieoxygenramki danych fenotypowych.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)