Macierz projektu dla modelu średnich grupowych
W poprzednim rozdziale testowałeś dane dotyczące białaczki pod kątem różnicowej ekspresji, używając tradycyjnej parametryzacji kontrastów względem grupy referencyjnej. Jako pierwszy krok w nauce bardziej elastycznej parametryzacji opartej na średnich grupowych ponownie przetestujesz te dane, aby potwierdzić, że uzyskujesz te same wyniki.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi białaczki został wczytany do twojego środowiska pracy.
- Użyj
model.matrix, aby utworzyć macierz projektu bez wyrazu wolnego. Pamiętaj, że zmienna będąca przedmiotem analizy (nowotwory postępujące vs. stabilne) znajduje się w kolumnieDiseaseramki danych fenotypowych.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)