Usuwanie efektów partii
W poprzednim ćwiczeniu pokazano, że efekt partii miał większy wpływ na zmienność niż efekt leczenia. Na szczęście badanie komórek macierzystych nabłonka węchowego było idealnie zrównoważone – każdy wariant leczenia był uwzględniony we wszystkich 4 partiach. Dzięki temu możesz usunąć zmienność wprowadzoną przez przetwarzanie partiami, co pozwoli zwiększyć stosunek sygnału do szumu.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi komórek macierzystych nabłonka węchowego został wczytany do twojego środowiska roboczego.
- Użyj funkcji
removeBatchEffect, aby usunąć efekt 4 partii z danych. - Użyj funkcji
plotMDS, aby zwizualizować główne składowe. Oznacz próbki według zastosowanego wariantu leczenia. - Ponownie zwizualizuj główne składowe, tym razem oznaczając próbki według ich partii.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load package
library(limma)
# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)