1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Usuwanie efektów partii

W poprzednim ćwiczeniu pokazano, że efekt partii miał większy wpływ na zmienność niż efekt leczenia. Na szczęście badanie komórek macierzystych nabłonka węchowego było idealnie zrównoważone – każdy wariant leczenia był uwzględniony we wszystkich 4 partiach. Dzięki temu możesz usunąć zmienność wprowadzoną przez przetwarzanie partiami, co pozwoli zwiększyć stosunek sygnału do szumu.

Instrukcje

100 XP

Obiekt ExpressionSet eset z danymi dotyczącymi komórek macierzystych nabłonka węchowego został wczytany do twojego środowiska roboczego.

  • Użyj funkcji removeBatchEffect, aby usunąć efekt 4 partii z danych.
  • Użyj funkcji plotMDS, aby zwizualizować główne składowe. Oznacz próbki według zastosowanego wariantu leczenia.
  • Ponownie zwizualizuj główne składowe, tym razem oznaczając próbki według ich partii.