Kategorie ontologii genów
W poprzednim ćwiczeniu testowałeś wzbogacenie biologicznych szlaków metabolicznych. Teraz przejdziesz do testowania wzbogacenia w zestawy genów, o których wiadomo, że wpływają na ten sam proces biologiczny – są to tzw. kategorie ontologii genów (GO, ang. gene ontology). Które kategorie GO są nadreprezentowane wśród różnicowo eksprymowanych genów z badania białaczki?
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Instrukcje do ćwiczenia
Dopasowany obiekt modelu z badania białaczki z rozdziału 2, fit2, został wczytany do twojego środowiska pracy. Pakiet limma jest już załadowany.
Wyodrębnij identyfikatory genów Entrez z ramki danych
fit2$genes.Przetestuj wzbogacenie kategorii GO za pomocą funkcji
goana. Ustaw gatunek na"Hs"dla Homo sapiens.Wyświetl 20 najbardziej wzbogaconych kategorii GO za pomocą funkcji
topGO. Ustaw argumentontologyna"BP", aby zwrócić procesy biologiczne (ang. Biological Processes).
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)