1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Kategorie ontologii genów

W poprzednim ćwiczeniu testowałeś wzbogacenie biologicznych szlaków metabolicznych. Teraz przejdziesz do testowania wzbogacenia w zestawy genów, o których wiadomo, że wpływają na ten sam proces biologiczny – są to tzw. kategorie ontologii genów (GO, ang. gene ontology). Które kategorie GO są nadreprezentowane wśród różnicowo eksprymowanych genów z badania białaczki?

Instrukcje

100 XP

Dopasowany obiekt modelu z badania białaczki z rozdziału 2, fit2, został wczytany do twojego środowiska pracy. Pakiet limma jest już załadowany.

  • Wyodrębnij identyfikatory genów Entrez z ramki danych fit2$genes.

  • Przetestuj wzbogacenie kategorii GO za pomocą funkcji goana. Ustaw gatunek na "Hs" dla Homo sapiens.

  • Wyświetl 20 najbardziej wzbogaconych kategorii GO za pomocą funkcji topGO. Ustaw argument ontology na "BP", aby zwrócić procesy biologiczne (ang. Biological Processes).