1. Uczyć się
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Analiza różnicowej ekspresji genów z limma w R
Connected

Exercise

Wstępne przetwarzanie cech

W ćwiczeniu wideo zobaczyłeś, że rozkłady próbek w badaniu dotyczącym doksорубicyny były silnie prawostronnie skośne. Pierwszym krokiem jest zatem wstępne przetworzenie cech: transformacja logarytmiczna, normalizacja i filtrowanie.

Instrukcje

100 XP

Obiekt ExpressionSet eset_raw z danymi surowymi został wczytany do twojego środowiska pracy. Pakiet limma jest załadowany.

  • Przeprowadź transformację logarytmiczną pomiarów. Użyj plotDensities, aby je zwizualizować. Oznacz próbki według ich genotypu.

  • Znormalizuj kwantylowo pomiary za pomocą normalizeBetweenArrays i ponownie je zwizualizuj.

  • Użyj rowMeans, aby określić, które geny mają średni poziom ekspresji większy od 0.

  • Przefiltruj geny (czyli wiersze) za pomocą wektora logicznego keep i ponownie zwizualizuj wyniki.