Vulkanický graf
Teď vytvoříš vulkanický graf, který vizualizuje míru diferenciální exprese ve studii leukémie. Na ose y se zobrazí log odds diferenciální exprese, na ose x pak log fold change.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
V pracovním prostředí máš načtený objekt fitovaného modelu ze studie leukémie z kapitoly 2, fit2. Balíček limma je už také načtený.
Vytvoř vulkanický graf, který zvýrazní 5 nejvýznamnějších genů.
Tyto geny označ jejich genovými symboly – předej sloupec
symbolz datového rámcefit2$genesargumentunames.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)