1. Learn
    2. /
  2. कोर्स
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

अभ्यास

Předzpracování příznaků

Ve videu jsi viděl/a, že rozdělení vzorků ve studii s doxorubicinem bylo výrazně zešikmené doprava. Prvním krokem je proto předzpracování příznaků: logaritmická transformace, normalizace a filtrování.

निर्देश

100 XP

Do tvého pracovního prostoru byl načten objekt ExpressionSet eset_raw se surovými daty. Balíček limma je také načten.

  • Logaritmicky transformuj naměřené hodnoty. Pomocí plotDensities je vizualizuj. Označ vzorky podle jejich genotypu.

  • Proveď kvantilouvou normalizaci hodnot pomocí normalizeBetweenArrays a znovu je vizualizuj.

  • Pomocí rowMeans zjisti, které geny mají průměrnou úroveň exprese větší než 0.

  • Filtruj geny (tj. řádky) pomocí logického vektoru keep a znovu proveď vizualizaci.