Test diferenciální exprese mezi 2 skupinami
Teď, když máš objekt ExpressionSet a matici designu, můžeš s limma fitovat a testovat svůj model.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Objekt ExpressionSet eset s leukemickými daty a matice designu, kterou jsi právě vytvořil/a (design), jsou načteny ve tvém pracovním prostředí.
Fituj koeficienty modelu pomocí
lmFit.Vypočítej t-statistiky pomocí
eBayes.Shrň výsledky pomocí
decideTests.Protože testování interceptu nedává smysl, zadej při volání
decideTestskoeficient"Diseasestable".
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)