1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Test diferenciální exprese pro skupinové průměry

Teď, když máš definovanou matici designu i matici kontrastů, můžeš přistoupit k testování diferenciální exprese.

Pokyny

100 XP

V pracovním prostředí máš načtený objekt ExpressionSet eset s daty o leukémii, matici designu (design) a matici kontrastů (cm).

  • Fituj koeficienty modelu pomocí lmFit.

  • Fituj kontrasty pomocí contrasts.fit.

  • Spočítej t-statistiky pomocí eBayes.

  • Shrň výsledky pomocí decideTests. fit2 tentokrát nemusíš subsettovat jako v parametrizaci treatment-contrasts, protože model skupinových průměrů neobsahuje intercept.