Test diferenciální exprese pro skupinové průměry
Teď, když máš definovanou matici designu i matici kontrastů, můžeš přistoupit k testování diferenciální exprese.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
V pracovním prostředí máš načtený objekt ExpressionSet eset s daty o leukémii, matici designu (design) a matici kontrastů (cm).
Fituj koeficienty modelu pomocí
lmFit.Fituj kontrasty pomocí
contrasts.fit.Spočítej t-statistiky pomocí
eBayes.Shrň výsledky pomocí
decideTests.fit2tentokrát nemusíš subsettovat jako v parametrizaci treatment-contrasts, protože model skupinových průměrů neobsahuje intercept.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)