Designová matice
Experiment s doxorubicinem využívá faktoriální design 2x2, takže pro parametrizaci skupinových průměrů budeš muset vytvořit kombinovanou proměnnou.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty z experimentu s doxorubicinem.
Zkombinuj proměnné
genotype(WT vs. Top2b null) atreatment(PBS vs. Dox) do jedné faktorové proměnné.Pomocí
model.matrixvytvoř designovou matici bez interceptu.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)