Obohacení drah (pathway enrichment)
Abys lépe porozuměl/a účinku diferenciálně exprimovaných genů ve studii s doxorubicinem, otestuješ obohacení známých biologických drah z databáze KEGG. Které dráhy KEGG jsou nadreprezentovány mezi diferenciálně exprimovanými geny pro kontrasty „dox_wt" a „interaction"?
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Nastavený modelový objekt fit2 je načten v tvém pracovním prostředí. Balíček limma je již načten.
Extrahuj entrez Gene ID z datového rámce
fit2$genes.Otestuj obohacení drah KEGG pomocí
keggapro kontrast"dox_wt". Nastav druh na"Mm"pro Mus musculus.Zobraz 5 nejobohacenějších drah KEGG pomocí
topKEGG.Zopakuj analýzu obohacení drah pro kontrast
"interaction".
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)