1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Obohacení drah (pathway enrichment)

Abys lépe porozuměl/a účinku diferenciálně exprimovaných genů ve studii s doxorubicinem, otestuješ obohacení známých biologických drah z databáze KEGG. Které dráhy KEGG jsou nadreprezentovány mezi diferenciálně exprimovanými geny pro kontrasty „dox_wt" a „interaction"?

Pokyny

100 XP

Nastavený modelový objekt fit2 je načten v tvém pracovním prostředí. Balíček limma je již načten.

  • Extrahuj entrez Gene ID z datového rámce fit2$genes.

  • Otestuj obohacení drah KEGG pomocí kegga pro kontrast "dox_wt". Nastav druh na "Mm" pro Mus musculus.

  • Zobraz 5 nejobohacenějších drah KEGG pomocí topKEGG.

  • Zopakuj analýzu obohacení drah pro kontrast "interaction".