Krabicový graf pro Top2b
Teď si proveďme rychlou kontrolu: vytvoř krabicový graf hladiny exprese Top2b a ověř, že myši s nulovou mutací mají nižší hladiny exprese Top2b.
Podobný krabicový graf jsi vytvářel/a v kapitole 1, cvičení 4.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostoru byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o doxorubicinu.
Najdi řádek obsahující data pro Top2b tak, že prohledáš sloupec příznaků
"symbol"a vyhledáš v něm"Top2b".Vytvoř krabicový graf pomocí formulové syntaxe. Hladina exprese patří na levou stranu od
~, proměnná genotypu na pravou.Předej řádek datového rámce příznaků argumentu
main, aby se nastavil název grafu.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])