Definování lineárního modelu pro porovnání 2 skupin
Abys pro leukemický experiment identifikoval/a diferenciálně exprimované geny, potřebuješ přeložit do R následující lineární model:
kde \(X_{1}\) je rovno 1 pro progresivní nádory a 0 pro stabilní nádory (poznámka: R vybírá základní podmínku automaticky podle abecedního pořadí).
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s leukemickými daty.
- Pomocí
model.matrixvytvoř matici návrhu s interceptovým koeficientem a koeficientem označujícím stav onemocnění.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)