Vytvoření objektu ExpressionSet

Spravovat 3 oddělené datové sady pro jeden experiment je zdlouhavé a náchylné k chybám – zvláště když potřebuješ provést filtrování. Spoj 3 datové sady z experimentu s leukémií do jednoho uceleného objektu pomocí třídy ExpressionSet z Bioconductoru.

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

V prostředí máš načtenu matici expresí (x), data o prvcích (f) a data o fenotypu (p).

Vytvoř nový objekt ExpressionSet pomocí funkce ExpressionSet.
Předej matici expresí argumentu assayData.
Předej datový rámec s fenotypovými daty argumentu phenoData.
Předej datový rámec s daty o prvcích argumentu featureData.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

Upravit a spustit kód