1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Design matice pro 3 skupiny

V experimentu s hypoxií byly kmenové buňky vystaveny 3 různým úrovním kyslíku: 1 %, 5 % a 21 %. Abys mohl/a porovnat buněčné funkce v těchto třech podmínkách, použij parametrizaci pomocí skupinových průměrů a urči lineární model s koeficientem pro každou úroveň kyslíku.

Pokyny

100 XP

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o hypoxii.

  • Pomocí model.matrix vytvoř design matici bez interceptu. Nezapomeň, že proměnná zájmu pro tuto studii (3 úrovně kyslíku) se nachází ve sloupci oxygen datového rámce s fenotypovými daty.