Design matice pro 3 skupiny
V experimentu s hypoxií byly kmenové buňky vystaveny 3 různým úrovním kyslíku: 1 %, 5 % a 21 %. Abys mohl/a porovnat buněčné funkce v těchto třech podmínkách, použij parametrizaci pomocí skupinových průměrů a urči lineární model s koeficientem pro každou úroveň kyslíku.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o hypoxii.
- Pomocí
model.matrixvytvoř design matici bez interceptu. Nezapomeň, že proměnná zájmu pro tuto studii (3 úrovně kyslíku) se nachází ve sloupcioxygendatového rámce s fenotypovými daty.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)