1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Vizualizace dávkových efektů

V experimentu s olfaktorickými kmenovými buňkami bylo 7 různých ošetření, každé se 4 opakováními, celkem tedy 28 vzorků. Tyto vzorky ale byly zpracovány ve 4 samostatných dávkách. Vliv ošetření je biologicky zajímavý, zatímco vliv dávek představuje technický šum. Pomocí redukce dimenzionality zjisti, který z těchto dvou efektů měl větší dopad na data genové exprese.

Pokyny

100 XP

V pracovním prostoru máš načtený objekt eset typu ExpressionSet s daty olfaktorických kmenových buněk.

  • Pomocí plotMDS vykresli hlavní komponenty. Vzorky popisuj podle ošetření, které obdržely, a nastav gene.selection na "common".

  • Hlavní komponenty vizualizuj znovu, tentokrát vzorky popisuj podle jejich dávky.