Vizualizace dávkových efektů
V experimentu s olfaktorickými kmenovými buňkami bylo 7 různých ošetření, každé se 4 opakováními, celkem tedy 28 vzorků. Tyto vzorky ale byly zpracovány ve 4 samostatných dávkách. Vliv ošetření je biologicky zajímavý, zatímco vliv dávek představuje technický šum. Pomocí redukce dimenzionality zjisti, který z těchto dvou efektů měl větší dopad na data genové exprese.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
V pracovním prostoru máš načtený objekt eset typu ExpressionSet s daty olfaktorických kmenových buněk.
Pomocí
plotMDSvykresli hlavní komponenty. Vzorky popisuj podle ošetření, které obdržely, a nastavgene.selectionna"common".Hlavní komponenty vizualizuj znovu, tentokrát vzorky popisuj podle jejich dávky.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")