1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

ćwiczenie

Histogram p-hodnot

Po provedení testu ověř, zda byl model správně specifikován – prozkoumej rozdělení p-hodnot pro každý kontrast. Pamatuj, že pro kontrast s malým počtem diferenciálně exprimovaných genů očekáváme rovnoměrné rozdělení p-hodnot, zatímco pro kontrast s mnoha diferenciálně exprimovanými geny by mělo být rozdělení zkosené doprava.

Instrukcje

100 XP

Ve svém pracovním prostoru máš načtený objekt fittovaného modelu fit2. Balíček limma je již načtený.

  • Pomocí topTable získej souhrnné statistiky pro každý gen pro kontrast "dox_wt". Počet vrácených genů nastav na počet řádků objektu fit2.

  • Totéž zopakuj pro kontrasty "dox_top2b" a "interaction".

  • Pomocí hist vytvoř histogram p-hodnot pro každý ze tří kontrastů.