Histogram p-hodnot

Po provedení testu ověř, zda byl model správně specifikován – prozkoumej rozdělení p-hodnot pro každý kontrast. Pamatuj, že pro kontrast s malým počtem diferenciálně exprimovaných genů očekáváme rovnoměrné rozdělení p-hodnot, zatímco pro kontrast s mnoha diferenciálně exprimovanými geny by mělo být rozdělení zkosené doprava.

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Ve svém pracovním prostoru máš načtený objekt fittovaného modelu fit2. Balíček limma je již načtený.

Pomocí topTable získej souhrnné statistiky pro každý gen pro kontrast "dox_wt". Počet vrácených genů nastav na počet řádků objektu fit2.
Totéž zopakuj pro kontrasty "dox_top2b" a "interaction".
Pomocí hist vytvoř histogram p-hodnot pro každý ze tří kontrastů.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Obtain the summary statistics for the contrast dox_wt
stats_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                         sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast dox_top2b
stats_dox_top2b <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                            sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast interaction
stats_interaction <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                              sort.by = "none")

# Create histograms of the p-values for each contrast
___(stats_dox_wt[___])
___(stats_dox_top2b[___])
___(stats_interaction[___])

Upravit a spustit kód