1. Learn
  2. /
  3. Courses
  4. /
  5. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Connected

Exercise

Normalizace

Surová data genové exprese jsou zpravidla neuspořádaná – mnoho genů navíc nebude pro zkoumaný systém vůbec relevantních. Po obdržení nové datové sady je proto prvním krokem vizualizace dat a provedení nezbytných kroků předzpracování.

Instructions

100 XP

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt ExpressionSet eset_raw se surovými daty populačního souboru Populus.

  • Pomocí plotDensities vizualizuj rozložení úrovní genové exprese pro každý vzorek. Legendu skryj.

  • Proveď logaritmickou transformaci naměřených hodnot a vizualizaci zopakuj.

  • Normalizuj naměřené hodnoty pomocí kvantilové normalizace funkcí normalizeBetweenArrays a vizualizaci proveď znovu.