Kategorie genové ontologie
V předchozím cvičení jsi testoval/a obohacení biologických drah. Teď se zaměříš na obohacení v genových sadách, které ovlivňují stejný biologický proces – tzv. kategorie genové ontologie (GO). Které GO kategorie jsou nadreprezentovány v diferenciálně exprimovaných genech ze studie leukémie?
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt fitovaného modelu fit2 ze studie leukémie z kapitoly 2. Balíček limma je již načtený.
Extrahuj entrez Gene ID z datového rámce
fit2$genes.Otestuj obohacení GO kategorií pomocí
goana. Nastav druh na"Hs"pro Homo sapiens.Zobraz 20 nejobohacenějších GO kategorií pomocí
topGO. Nastav argumentontologyna"BP", aby funkce vrátila biologické procesy.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)