1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Kategorie genové ontologie

V předchozím cvičení jsi testoval/a obohacení biologických drah. Teď se zaměříš na obohacení v genových sadách, které ovlivňují stejný biologický proces – tzv. kategorie genové ontologie (GO). Které GO kategorie jsou nadreprezentovány v diferenciálně exprimovaných genech ze studie leukémie?

Pokyny

100 XP

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt fitovaného modelu fit2 ze studie leukémie z kapitoly 2. Balíček limma je již načtený.

  • Extrahuj entrez Gene ID z datového rámce fit2$genes.

  • Otestuj obohacení GO kategorií pomocí goana. Nastav druh na "Hs" pro Homo sapiens.

  • Zobraz 20 nejobohacenějších GO kategorií pomocí topGO. Nastav argument ontology na "BP", aby funkce vrátila biologické procesy.