Odstranění dávkových efektů

V předchozím cvičení jsi ukázal/a, že vliv dávky (batch) měl na variabilitu dat větší dopad než vliv léčby. Naštěstí byla studie čichových kmenových buněk perfektně vyvážená – každá léčba byla zastoupena ve všech 4 dávkách. Variabilitu způsobenou zpracováním v dávkách proto můžeš odstranit a zvýšit tak poměr signálu k šumu.

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt ExpressionSet s názvem eset obsahující data ze studie čichových kmenových buněk.

Pomocí removeBatchEffect odstraň vliv 4 dávek z dat.
Pomocí plotMDS vykresli hlavní komponenty. Vzorky označ podle přiřazené léčby.
Znovu vizualizuj hlavní komponenty, tentokrát vzorky označ podle jejich dávky.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load package
library(limma)

# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)

# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)

Upravit a spustit kód