1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Odstranění dávkových efektů

V předchozím cvičení jsi ukázal/a, že vliv dávky (batch) měl na variabilitu dat větší dopad než vliv léčby. Naštěstí byla studie čichových kmenových buněk perfektně vyvážená – každá léčba byla zastoupena ve všech 4 dávkách. Variabilitu způsobenou zpracováním v dávkách proto můžeš odstranit a zvýšit tak poměr signálu k šumu.

Pokyny

100 XP

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt ExpressionSet s názvem eset obsahující data ze studie čichových kmenových buněk.

  • Pomocí removeBatchEffect odstraň vliv 4 dávek z dat.
  • Pomocí plotMDS vykresli hlavní komponenty. Vzorky označ podle přiřazené léčby.
  • Znovu vizualizuj hlavní komponenty, tentokrát vzorky označ podle jejich dávky.