Zjisti zdroje variability
Teď použiješ analýzu hlavních komponent, abys zjistil/a, co je zdrojem variability v datech. Seskupují se vzorky podle genotypu (WT vs. Top2b null) nebo podle způsobu léčby (PBS vs. Dox)?
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o doxorubicinu. Balíček limma je již načtený.
Pomocí
plotMDSvykresli hlavní komponenty. Vzorky označ jejich genotypem.Znovu vizualizuj hlavní komponenty, tentokrát vzorky označ podle způsobu léčby.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")