1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Filtrování genů

Teď, když jsou data logaritmicky transformována a kvantilovně normalizována, je potřeba odstranit nízce exprimované geny, které nejsou pro zkoumaný systém relevantní.

Pokyny

100 XP

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt ExpressionSet eset_norm s normalizovanými daty populace Populus.

  • Pomocí plotDensities vizualizuj rozložení úrovní genové exprese pro každý vzorek. Vypni legendu.

  • Pomocí rowMeans urči, které geny mají průměrnou úroveň exprese větší než 5. Tento logický vektor pojmenuj keep.

  • Filtruj geny (tj. řádky) objektu ExpressionSet pomocí logického vektoru keep a proveď novou vizualizaci.