Matice designu pro faktoriální design 2x2
V tomto faktoriálním experimentu 2x2, zaměřeném na zkoumání vlivu sucha na růst stromů, byly pěstovány 2 různé typy stromů Populus se 2 různými množstvími vody. Aby měl každý koeficient modelu přiřazenou právě jednu skupinu, je potřeba nejprve sloučit obě proměnné dohromady.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostoru byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty Populus.
Slouč proměnné
type(typ stromu) awater(normální vs. sucho) do jedné faktorové proměnné.Pomocí
model.matrixvytvoř matici designu bez interceptu.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)