1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Matice plánu pro model skupinových průměrů

V předchozí kapitole jsi testoval/a data o leukémii na diferenciální expresi pomocí tradiční parametrizace kontrastu léčby. Jako první krok k pochopení flexibilnější parametrizace skupinových průměrů nyní tato data otestuješ znovu a ověříš, že dostaneš stejné výsledky.

Pokyny

100 XP

Do tvého pracovního prostoru byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o leukémii.

  • Pomocí funkce model.matrix vytvoř matici plánu bez interceptu. Nezapomeň, že proměnná zájmu pro tuto studii (progresivní vs. stabilní nádory) se nachází ve sloupci Disease datového rámce fenotypových dat.