Matice plánu pro model skupinových průměrů
V předchozí kapitole jsi testoval/a data o leukémii na diferenciální expresi pomocí tradiční parametrizace kontrastu léčby. Jako první krok k pochopení flexibilnější parametrizace skupinových průměrů nyní tato data otestuješ znovu a ověříš, že dostaneš stejné výsledky.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostoru byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o leukémii.
- Pomocí funkce
model.matrixvytvoř matici plánu bez interceptu. Nezapomeň, že proměnná zájmu pro tuto studii (progresivní vs. stabilní nádory) se nachází ve sloupciDiseasedatového rámce fenotypových dat.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)