Matice kontrastů pro 3 skupiny
Abys identifikoval/a geny s diferenciální expresí mezi každou ze 3 úrovní kyslíku, potřebuješ definovat 3 párové kontrasty.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o hypoxii a návrhová matice, kterou jsi právě vytvořil/a (design).
- Pomocí
makeContrastsdefinuj 3 párové kontrasty. Nezapomeň použít názvy sloupců z návrhové matice bez uvozovek.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm