1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Matice kontrastů pro faktoriální design 2x2

Ve faktoriálním designu 2x2 je třeba definovat mnoho kontrastů. Potřebuješ otestovat rozdíly v typu stromu v každé z podmínek zavlažování, rozdíly v reakci na sucho u každého typu stromu a rozdíly v reakci na sucho mezi oběma typy stromů (tradičně označované jako interakční efekt).

Pokyny

100 XP

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o topolech a návrhová matice vytvořená v předchozím kroku (design).

  • Vytvoř kontrast type_drought pro testování efektu typu stromu (NM6 vs. DN34) v podmínce sucha.

  • Vytvoř kontrast water_dn34 pro testování efektu sucha u stromů DN34.

  • Vytvoř interakční člen pro testování rozdílů v reakci na sucho mezi oběma typy stromů (nápověda: porovnej kontrasty water_nm6 a water_dn34).