Matice kontrastů pro faktoriální design 2x2

Ve faktoriálním designu 2x2 je třeba definovat mnoho kontrastů. Potřebuješ otestovat rozdíly v typu stromu v každé z podmínek zavlažování, rozdíly v reakci na sucho u každého typu stromu a rozdíly v reakci na sucho mezi oběma typy stromů (tradičně označované jako interakční efekt).

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o topolech a návrhová matice vytvořená v předchozím kroku (design).

Vytvoř kontrast type_drought pro testování efektu typu stromu (NM6 vs. DN34) v podmínce sucha.
Vytvoř kontrast water_dn34 pro testování efektu sucha u stromů DN34.
Vytvoř interakční člen pro testování rozdílů v reakci na sucho mezi oběma typy stromů (nápověda: porovnej kontrasty water_nm6 a water_dn34).

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Upravit a spustit kód