1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Dráhy KEGG

Při interpretaci výsledků diferenciální exprese se často využívá testování obohacenosti v rámci známých genových sad. Databáze KEGG obsahuje kurátorské sady genů, o nichž je známo, že interagují ve stejné biologické dráze. Které dráhy KEGG jsou nadreprezentovány v diferenciálně exprimovaných genech ze studie leukémie?

Pokyny

100 XP

Do tvého pracovního prostoru byl načten objekt fitovaného modelu fit2 ze studie leukémie z kapitoly 2. Balíček limma je již načten.

  • Z datového rámce fit2$genes extrahuj entrez ID genů.

  • Otestuj obohacenost drah KEGG pomocí kegga. Nastav druh na "Hs" pro Homo sapiens.

  • Zobraz 20 nejobohacenějších drah KEGG pomocí topKEGG.