Dráhy KEGG

Při interpretaci výsledků diferenciální exprese se často využívá testování obohacenosti v rámci známých genových sad. Databáze KEGG obsahuje kurátorské sady genů, o nichž je známo, že interagují ve stejné biologické dráze. Které dráhy KEGG jsou nadreprezentovány v diferenciálně exprimovaných genech ze studie leukémie?

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Do tvého pracovního prostoru byl načten objekt fitovaného modelu fit2 ze studie leukémie z kapitoly 2. Balíček limma je již načten.

Z datového rámce fit2$genes extrahuj entrez ID genů.
Otestuj obohacenost drah KEGG pomocí kegga. Nastav druh na "Hs" pro Homo sapiens.
Zobraz 20 nejobohacenějších drah KEGG pomocí topKEGG.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]

# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)

# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)

Upravit a spustit kód