Matice kontrastů

Abys mohl/a otestovat vliv doxorubicinu na srdce myší divokého typu a myší s nulovým genem Top2b (a případnou interakci mezi léčbou a genotypem), je potřeba sestavit kontrasty koeficientů z matice designu.

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o doxorubicinu a matice designu design. Balíček limma je již načten.

Vytvoř dox_wt pro testování efektu doxorubicinu u myší divokého typu.
Vytvoř dox_top2b pro testování efektu doxorubicinu u myší s nulovým genem Top2b.
Vytvoř interakční člen pro testování rozdílů v odpovědi na doxorubicin mezi oběma typy myší (nápověda: porovnej dox_top2b a dox_wt).

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Upravit a spustit kód