1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Matice kontrastů

Abys mohl/a otestovat vliv doxorubicinu na srdce myší divokého typu a myší s nulovým genem Top2b (a případnou interakci mezi léčbou a genotypem), je potřeba sestavit kontrasty koeficientů z matice designu.

Pokyny

100 XP

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o doxorubicinu a matice designu design. Balíček limma je již načten.

  • Vytvoř dox_wt pro testování efektu doxorubicinu u myší divokého typu.

  • Vytvoř dox_top2b pro testování efektu doxorubicinu u myší s nulovým genem Top2b.

  • Vytvoř interakční člen pro testování rozdílů v odpovědi na doxorubicin mezi oběma typy myší (nápověda: porovnej dox_top2b a dox_wt).